Merhaba,
Ekran görüntüsü yeterince açıklayıcı sanırım :), açık kaynak kodlu, güzel bir program:
Winmerge (http://winmerge.org/)
(http://winmerge.org/about/screenshots/screenshot.png)
Farklı olan bölümlere sağ tıklayıp "sağa kopyala" ya da "sola kopyala" gibi seçenekler mevcut.